①有很強的系統性和綜合性。單項水利工程是同一流域，同一地區內各項水利工程的有機組成部分，這些工程既相輔相成，又相互制約；單項水利工程自身往往是綜合性的，各服務目標之間既緊密聯系，又相互矛盾。水利工程和國民經濟的其他部門也是緊密相關的。規劃設計水利工程必須從全局出發，系統地、綜合地進行分析研究，才能得到最為經濟合理的優化方案。
②對環境有很大影響。水利工程不僅通過其建設任務對所在地區的經濟和社會發生影響，而且對江河、湖泊以及附近地區的自然面貌、生態環境、自然景觀，甚至對區域氣候，都將產生不同程度的影響。這種影響有利有弊，規劃設計時必須對這種影響進行充分估計，努力發揮水利工程的積極作用，消除其消極影響。
③工作條件復雜。水利工程中各種水工建筑物都是在難以確切把握的氣象、水文、地質等自然條件下進行施工和運行的，它們又多承受水的推力、浮力、滲透力、沖刷力等的作用，工作條件較其他建筑物更為復雜。
④水利工程的效益具有隨機性，根據每年水文狀況不同而效益不同，農田水利工程還與氣象條件的變化有密切聯系。影響面廣。水利工程規劃是流域規劃或地區水利規劃的組成部分，而一項水利工程的興建，對其周圍地區的環境將產生很大的影響 ， 既有興利除害有利的一面，又有淹沒、浸沒、移民、遷建等不利的一面。為此，制定水利工程規劃，必須從流域或地區的全局出發，統籌兼顧，以期減免不利影響，收到經濟、社會和環境的最佳效果。
⑤水利工程一般規模大，技術復雜，工期較長，投資多，興建時必須按照基本建設程序和有關標準進行。
